VNUK có sơ đồ cơ cấu tổ chức như sau:
Hội đồng trường là của trường đại học công lập là tổ chức quản trị, thực hiện quyền đại diện của chủ sở hữu và các bên có lợi ích liên quan. VNUK là đơn vị trực thuộc Đại học Đà Nẵng, vì vậy Hội đồng trường của VNUK cũng là Hội đồng Đại học Đà Nẵng. Hội đồng Đại học Đà Nẵng chịu trách nhiệm về định hướng chiến lược và các vấn đề lớn của VNUK. Hội đồng Đại học Đà Nẵng có 29 thành viên.
Viện trưởng là người đại diện cho Viện trước pháp luật; chịu trách nhiệm trực tiếp quản lý và điều hành các hoạt động của Viện. Viện trưởng của VNUK là PGS.TS. Nguyễn Mạnh Toàn – Phó Giám đốc Đại học Đà Nẵng.
Phó Viện trưởng là người giúp Viện trưởng trong việc quản lý và điều hành hoạt động của Viện; trực tiếp phụ trách một số mảng công tác theo phân công của Viện trưởng và giải quyết các công việc do Viện trưởng giao. Hiện nay, Viện có hai Phó viện trưởng là PGS. TS. Giang Thi Kim Liên và TS. Trần Thế Vũ.
Hội đồng khoa học và đào tạo có nhiệm vụ tư vấn cho Viện trưởng về các hoạt động sau:
– Các hoạt động đào tạo;
– Các hoạt động khoa học và công nghệ (KHCN);
– Các hoạt động hợp tác với doanh nghiệp và hợp tác quốc tế;
– Các hoạt động phát triển nhân lực và cơ sở vật chất (vật lực) phục vụ công tác đào tạo và KHCN;
– Đề xuất và tham mưu cho ĐHĐN để lựa chọn tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục của Viện; các phương thức kiểm tra, đánh giá kết quả học tập, rèn luyện của sinh viên; các giải pháp nâng cao chất lượng đào tạo và đảm bảo chất lượng đầu ra; đánh giá chất lượng của trang thông tin điện tử, tạp chí, tập san KHCN (nếu có), đánh giá việc tổ chức và quản lý đào tạo, hoạt động KHCN của các đơn vị trong Viện.
Khoa là đơn vị chuyên môn thuộc Viện do Giám đốc ĐHĐN thành lập trên cơ sở đề xuất của Viện trưởng. Hiện tại Viện có 3 Khoa: Khoa Kinh tế và Kinh doanh, Khoa Công nghệ thông tin và Truyền thông, Khoa Khoa học và Công nghệ và Tổ Ngôn ngữ và dự bị đại học.
Các đơn vị chức năng của Viện gồm: Phòng Đào tạo, Phòng Khoa học – Hợp tác quốc tế, Phòng Hành chính Tổng hợp, Tổ Tài vụ, Tổ Công tác sinh viên, Tổ Đảm bảo chất lượng, Tổ Truyền thông Marketing, Tổ Dịch vụ việc làm và Quan hệ doanh nghiệp.